평범한 초등학교 3학년, 타카마치 나노하에게 찾아온 작은 사건. 그것은 '마법'과의 만남과 이세계의 유산 '쥬얼시드'를 둘러싼 싸움의 운명 애기 '마도서의 지팡이' 레이징 하트와 함께 가로지르는 하늘을 가로막는 것은, 같은 나이의 소녀 마도사, 페이트 테스타로사. 슬픔을 품은 페이트의 눈동자. 피할 수 없는 싸움 속, 나노하는 그래도, 자신의 마음을 전하기를 바란다. 슬픈 운명과, 용기의 맹세. 두 마음이 기적을 자아내며, 두 명의 소녀는 하늘을 난다.