幼い頃に見たシャイニィシャリオの魔法ショーに魅了され、魔女になることを夢見ていた少女、カガリ・アツコ。16歳になったアッコは、念願の伝統ある魔女の名門校「ルーナノヴァ」への入学が決まる。期待に胸を膨らませブライトンベリーへ到着したアッコは、街とルーナノヴァを繋ぐ停留所を目指す。しかしそこは魔女だけが使えるレイラインで結ばれた「ホウキの停留所」だった。魔法の使えないアッコはレイラインに乗る手段も無く、途方に暮れてしまう。厳格なルーナノヴァは始業の儀式に間に合わなければ即退学となってしまう……！