突如出現した人類の敵「ネウロイ」に対抗するべく世界各国が連合軍を組んだ。ただし、彼らに対抗できるのは特殊な魔力を持った、少女たちだけだった・・・。遂に連合軍によるベルリン奪還作戦が始動し、再び結成される第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」、新たな501メンバーとして「服部静夏」も加わりネウロイとの死闘を繰り広げてゆく！果たしてベルリンの空を開放する事は出来るのか！？