――魔女。それは、魔素という新種の物質に適応し、魔技と呼ばれる超常現状を引き起こすことが可能な新人類。そんな魔女が生まれて50年。世界は悪質な魔女による犯罪が横行し、さらには魔物という異形の怪物が発生し、人を襲う事件が多発していた。治安は悪化の一途を辿る中、善良な魔女たちによる自警組織『魔女教団』に所属する新人エージェントである雨後晴乃と光谷闇奈は、悪質な魔女や魔物を取り締まり、社会の平和を守る日々を過ごしていた。次々に起こる事件の対応に奔走する中、二人は変わりゆく世界の真実に迫っていく。これは、二人の魔女の選択がもたらす愛の物語。