1기로부터 1년 후, 염원하던 평범한 소녀로 돌아가 평범하게 행복한 나날을 보내는 나노하나 지유. 하지만 이번엔 시베리아에서 찾아온 전학생 후리샤를 만나게 된다. 그녀의 실체는 초대 야규 쥬베이의 유복자로, '자신이야말로 진정한 2대 야규 쥬베이이며, 러블리 안대를 가지는 것은 자신'이라는 결의를 갖고서 지유에게 접근한다. 오다고 코이노스케의 자식인 오다고 아유노스케도 나타나고, 300년 전 '에도 야규'에 의해 시베리아 땅까지 추방된 '키타 야규' 일족도 얽히며, 야규 쥬베이가 되는 걸 한사코 거부했던 지유는 괴로운 선택을 강요당하게 되는데...