音楽が溢れる町、加音町。この町で育った北条響と南野奏は小さい頃からいつも一緒だった幼なじみ。けれど、中学生になってからは何故か顔を合わせればケンカばかり…。そんな二人のもとに、音楽の国「メイジャーランド」からやってきた妖精《ハミィ》が現れた！　ハミィは、伝説の楽譜に書かれている《幸福のメロディ》を《不幸のメロディ》に変えようと企む悪の王《メフィスト》から世界を守るため、二人にプリキュアに変身して欲しいと頼む。いつもは全く意見が合わない響と奏だが、二人の正義の心が一つになったとき、プリキュアに変身する！