근미래의 지구! 인류는 '휴즈'라고 불리는 수수께끼의 생명체의 출현으로 파멸의 위기에 처해 있었다. 전 세계가 휴즈에 대항한다는 하나의 목적 아래 단결해서 과학과 마법의 힘 '마기'를 집대성한 결전 병기 'CHARM(참)'의 개발에 성공했고 그 사용자가 될 소녀인 '릴리'를 양성하는 기관 '가든'을 각지에 설립한다. 가든 중에서도 명문으로 널리 알려진 유리가오카 여학원에 추가 합격이지만 합격하게 된 히토츠야나기 리리는 인류의 존속을 위해 싸우는 릴리로서 한 발을 내딛는다. 예전에 자신을 구해준 시라이 유유를 따라 이 학교에 지원한 리리는 등교 첫날에 유유와 재회하지만 그녀는 이전과는 어딘가 다른 모습이었는데. 덧없고도 아름다운 싸움, 소녀들의 이야기가 지금 꽃을 피운다....