1944년. 큐슈 본토의 절반이상이 네우로이의 세력에 의해 점거되었다. 세계 각국은 사태를 타개하기 위해 반격작전을 계획, 그를 위해 각국의 탑 에이스들을 하나로 뭉친 연합군 제501 총합전투항공단 '스트라이크 위치스'를 결성한다. 후소 황국의 미야후지 요시카 역시 그 능력을 인정받아 스트라이크 위치스의 교관 사카모토 미오에게 스카웃 된다. 아버지의 죽음에 의해 전쟁에 트라우마가 있어 필사적으로 거부하던 요시카는 싸우는 것이 사람들을 지키는 길이라는 사실을 깨닫고 아버지의 유품인 스트라이커 유닛과 함께 스트라이크 위치스에 투신한다.