<레인>은, 욕망이 넘쳐흐르는 세기말의 거리 시부야에서 이야기는 시작된다. 한 여학생이 빌딩에서 뛰어내린다. 마치 이런 몸 따위는 필요 없다는 듯한 미소를 짓고. 그녀의 자살 뒤로 같은 반 친구들은 이상한 이메일을 받는다. “나는 죽지 않았어. 육체를 버렸을 뿐.” 이 메시지를 받은 여학생 중 하나가 레인이다. 컴퓨터광(狂)인 아버지와 아름다운 어머니, 잔소리쟁이 언니를 둔 평범한 레인. 이 메시지를 받은 뒤로 레인은 ‘와이어드’(Wired)라고 불리는 사이버 세계에 흥미를 가지게 된다. 아버지가 사준 최신 컴퓨터 ‘나비’에 우연히 구한 초강력 칩 ‘프시케’를 장착하면서 레인은 사이버 세계에 빠져든다. 그때부터 레인은 자기와 꼭 닮은 또 하나의 레인이 ‘사이버리아’라는 클럽에 출몰한다는 이야기를 친구들로부터 듣게 된다. 또 다른 레인은 자폐적인 진짜 레인과는 달리 강하고 영악하다. 또 다른 레인을 추적하면서 레인은 ‘와이어드’ 안에 신(神)이 있다고 믿는 비밀 결사단, ‘나이츠’(Knights)와 접촉한다. 한편, 신이라고 자처하는 자가 레인 앞에 나타난다. 레인에게 뭔가 특별한 능력이 있다고 이야기하면서...