어둠의 서 사건이 마무리 지어진뒤 10년 후, 중령의 자리에까지 오른 야가미 하야테는 로스트 로기아, 렐릭과 렐릭이 발견될 때마다 나타나는 기계병기, 가제트 드론을 수사하기 위해 10년지기 타카마치 나노하 공군 대위와 페이트 T.(테스타롯사) 하라오운 집무관의 도움을 받아 새로운 부대를 만들었다.가제트 드론의 뒤에 있는자는 전차원 수배자 제일 스칼리엣티. 이것은, 훗날 JS 사건으로 불리는 사건과 그때 활약한 기동 6과의 이야기.