30년 전에 나타난 미지의 '침략성 외래 생물'에 의해 세계는 한 번 멸망했다. 인류와 그 생물 '침략종'은 서로 생활권을 다투고, 현재는 간신히 인류의 안전이 확보되고 있지만, 세계는 언제 멸망해도 이상하지 않다. 사람들은 죽음과 멸망을 두려워하면서 위험과 재해로부터 눈을 돌리도록 일상을 살고 있다. 그런 세계 속에서, 국제연합의 위험생물조사기관 ‘EXCEEDS’는 침략종에 의한 위기와 재해를 물리치기 위해 활동을 시작했다. 이야기의 시작은 극동의 섬나라 「미즈호」. 낙도(離島)에서 사는 침략종 구제 사냥꾼 소녀 쿠제 시이나. 단 한 사람의 가족인 여동생 세츠나와 조용히 살기를 바라는 시이나에 찾아오는 사건이란――?