호기심이 많고 신기한 것을 좋아하는 아사히나 미라이는 중학교 2학년이 되는 봄방학에, 마법사인 소녀 리코와 만난다. 기적과 마법에 이끌려 리코와 함께 전설의 마법사인 「프리큐어」로 변신! 미라이가 소중히 여기는 곰 인형 모후룬과, 「링클 스마트폰」에서 태어난 요정 하짱과도 손을 맞잡고, 「마법계」와 「비마법계(인간계)」 두 세계에 닥친 혼돈을 물리친다. 그러나 그것은 모두의 이별을 수반하는 일이었다. 몇 년 후, 기적적으로 재회한 미라이와 친구들은 각각의 세계에서 각자의 미래를 향해 나아간다. 미라이는 비마법계에서 대학생이 되고, 리코는 마법계로 돌아가 마법 학교의 선생님이 된다. 모후룬은 여전히 미라이 곁을 지키고 있다. 그리고 하짱은 먼 곳에서 세상을 지켜보는 존재가 되었다. 그러나 그 와중에 마법계와 비마법계에 새로운 재앙이 나타나는데……? 새로운 재앙의 징조로 인해 몇 개월 만에 재회하게 된 미라이와 리코. 의문의 적을 물리치는 한편, 둘은 자신들의 과거와 미래를 마주하게 된다. 「큐어 업 라파파!」라는 마법의 주문으로, 두근두근하는 이야기가 다시 시작된다!