海に生き、海を守り、海を往く―― それがブルーマーメイド！ 海の安全を守る職業「ブルーマーメイド」に憧れ、横須賀女子海洋学校に入学した岬 明乃は航洋艦「晴風」の艦長に任命され、クラスのメンバーと共に海洋実習に参加する。 艦を動かし、目的地へと向かうだけの安全な航海のはずが、彼女たちを待ち受けていたのは、数々の危機ピンチ。教員艦からの突然の発砲、暴走する他学生艦との戦闘、救難船の救護活動など、数々の困難を辛くも乗り越え、無事に陸に帰還したことで、メンバー同士の間に固い絆が結ばれた。 その騒動から1ヶ月後、テスト休みを満喫する晴風メンバーに新たな危機ピンチが訪れる。それは晴風クラスが解体されるというもの。晴風メンバーは、動揺しながらも再び一丸となり、クラスの解体を阻止したことで、絆をより深めていくのだった。 そして、晴風クラス解体危機から３ヶ月── 横須賀では、呉・舞鶴・佐世保を含めた全女子海洋学校の生徒が一堂に会し文化祭と体育祭を行う「競闘遊戯会」が開催され、明乃たち晴風クラスのメンバーも歓迎祭の準備に追われていた。 大和・信濃・紀伊など超大型艦のクラスも集い、様々な演し物や競技で賑わう中、彼女たちに 新たな“危機”が迫っていた……！