닌자 마을에서 탈출한 여자 닌자 사토코. 길에 쓰러져 있던 사토코를 우연히 그곳을 지나가던 여고생 코노하가 구하게 된다. 그러나 안도할 틈도 없이 사토코는 마을에서부터 쫓아온 자에게 발각되고 마는데... 사토코를 쫓아오던 자의 공격을 단숨에 되받아친 코노하. 그녀의 정체는 무려 암살자였던 것이다! 세상 물정 모르는 여자 닌자와 암살자 여고생의 위험한 공동생활이 시작된다――!