"The World"라고 하는 온라인 게임의 가상현실세계 안에서 벌어지는, 원인불명의 문제에 의해 게임 세계에서 로그아웃을 할 수 없게 된 츠카사는, 규정에는 존재하지 않는 외견을 가진 고양이형 PC와의 관계, 그리고 수수께끼의 몬스터 가디언과의 관련됨을 의심받아 플레이어의 의지에 의해 구성된 자치단 "홍의의 기사단"으로부터 "The World"를 붕괴시키는 인물로 찍혀, 쫒기게 된다. 츠카사는 게임내에서 만난 친구인 미미루나 베어들과 협력하면서 로그아웃의 방법, 그리고 "The World"에 숨겨져 있는 수수께끼를 찾아 다양한 사건과 조우한다.