“끝난 세계”에서, 마지막으로 잡게 되는 미래는—— 갑자기 나타난 괴물 “시인”에 의해, 사람들은 습격당하고 세계는 끝났다——. 아버지가 남긴 마법을 사용해 살아남은 소녀, 미나토 유키는 한때 헤어진 “유일한” 친구, 사카키 호노카와 재회한다. 행방불명된 호노카의 언니, 하루카를 찾는 것을 도와주기로 한다. 교토에서 만난 “강철의 마녀” 구조 야미와, 그녀의 조카로 골렘을 다루는 하구로의 협력을 얻어, 종말의 진상에 조금씩 다가가고 있는 유키 일행. 더 많은 정보를 찾기 위해 유키, 호노카, 하구리의 세 사람은 일본 마술사 연맹 본부가 있었던 도쿄로 향하기로 한다. 가는 길에 폐여관과 온천에서 기운을 차리며, 서로의 유대를 확인한다. 마치 인도받듯이 도착한 시부야의 스크램블 교차로에서, 소녀들은 뜻밖의 진상을 알게 되고 동시에 고통스러운 선택을 강요받게 된다——. 과거에 한 번, 떨어져 있던 유키와 호노카가 “끝난 세계”에서 마지막으로 잡아내는 미래는? 걸즈 서바이브 스토리, 여기서 완결!