1994년의 어느날, 일본의 카미오키(神隠) 섬 주민들이 한 명을 제외하고 모두 사망하는 수수께끼의 이변이 발생한다. 모두가 서로를 죽인 '카미카쿠시 사건'에서 유일하게 살아남은 소녀 와카타케 마리는 뒤늦게 달려온 사람들에게 구출되지만, 과거의 기억을 모두 잃어버리고 있었다. 그로부터 5년 후 기숙사제의 명문 여학교인 사립 카이오 학원에 편입하게 된 마리는 센코지 하기노라는 소녀와 만나 서서히 끌리게 되나, 그녀의 정체는 사실 이성인(異星人) 아루메의 지구 조사함 5번대 블루의 함장 에카릴이었다.