평범한 초등학교 3학년인 타카마치 나노하는 이세계 미드칠더에서 온 말을 하는 페릿 유노 스크라이어가 다쳐서 쓰러져 있는 것을 보고 집으로 데려간다. 그가 이 세계(지구)에 온 이유는 그가 발굴한 로스트 로기아 쥬얼 시드가 이 세계 곳곳에 흩어져 버렸기 때문이다. 이런 저런 이야기를 들은 나노하는 유노와 함께 쥬얼 시드를 모아 봉인하기 시작한다.