주인공 마이를 포함한 히메(HiME)라 불리는 고차원 물질화 능력을 가지고 있어 차일드를 소환할 수 있는 12명의 특별한 소녀들은 오판이라 불리는 괴물을 물리치기 위해 일번지라는 조직에 의해 미션계 명문 사립 후우카 학원에 모여졌다. 하지만 히메의 힘을 노린 음모의 세력이 학원을 위기에 빠뜨리면서, 학원 이사장은 후쿠카의 요새 흑요궁에 히메들을 불러 그들의 힘을 동원한다. 음모 세력의 계획이 실패로 돌아간 후, 히메들은 평범한 학원생활을 이어가지만 새로운 흑막이 드러나면서 걷잡을 수 없는 상황으로까지 번지게 되는데...