공각기동대의 프리퀄 애니메이션, 홍각의 판도라! 기술의 발전으로 일반 사회에도 사이보그 기술이나 로봇 기술이 도입되기 시작한 미래. 대규모의 자연재해가 세계 곳곳에서 발생하기도 하며, 사회에서는 점점 빈부격차가 확대되는 혼돈의 시대. 이런 혼돈의 세계 속에서 뇌를 제외한 모든 신체를 기계화한 소녀 나나코로비 네네는 최고급 리조트 섬 세난클 섬에 방문한다. 하지만 갑자기 거대자율형굴삭기 부에르가 돌연 폭주하고 평화로웠던 세난클 섬은 붕괴의 위기에 놓이게 된다. 네네는 섬에서 알게 된 수수께끼의 과학자 우잘 데릴라와 미소녀형 안드로 이이드 클라리온과 협력해 부에르에 맞서는데.........