惑星エルトリアからの来訪者、キリエ・フローリアン。死に瀕した父親と故郷を救うため、地球に存在する「永遠結晶」を求めたキリエだったがその旅は同行者「イリス」がキリエを利用するための嘘だった。イリスの目的は、永遠結晶の中で眠っていた存在「ユーリ」への復讐だった。妹キリエとイリスを追って地球を訪れていたアミティエ・フローリアン。イリスによって呼び起こされた、３つの魂、ディアーチェ、シュテル、レヴィの３人。地球の魔導師たち、高町なのは、フェイト・Ｔ・ハラオウン、八神はやてたちはそれぞれにイリスとユーリを止めるための戦いを始める。イリスとユーリの過去とは？かつてのエルトリアに存在した「惑星再生委員会」で起きた悲劇とは？過去から連なる謎と宿命が、今、新たな物語を紡ぎ出す。