流星学園中東部に通う中学生の翔子は、ある日得体のしれない何者かの襲撃を受ける。その存在こそ、かつて女神アテナが封じた邪神エリスの手下・邪精霊だった。大きな運命の渦に巻き込まれた翔子は、聖闘少女となって壮大な戦いを繰り広げていく。