山間の｢乙橘学園｣に通う女学生・来栖川姫子と姫宮千歌音、そして姫子に恋する大神ソウマの3人は平和な学園生活を謳歌していた。しかし16歳の誕生日をむかえた姫子の身体に異変が起きる!さらに姫子を狙う敵・オロチ衆が襲来し、学園は壊滅状態に陥ってしまう!実は姫子こそ、古代の邪神ヤマタノオロチを封印した“陽の巫女”の生まれ変わりだったのだ。そして、自らのオロチの血に覚醒してしまったソウマだったが、愛する姫子を守るため自ら呪縛を解き、凶悪なオロチ衆達との戦いを決意する!そんな二人を見守る千歌音にも、重大な秘密が隠されていたのだった!!