好奇心が旺盛で不思議なことが大好きな朝日奈みらいは、中学2年生になる春休み、 魔法つかいの少女・リコと出会う。 奇跡と魔法に導かれて、リコと共に伝説の魔法つかい「プリキュア」に変身！ みらいが大切にしているクマのぬいぐるみのモフルンや、 「リンクルスマホン」から生まれた妖精のはーちゃんとも手を取り合って、 「魔法界」と「ナシマホウ界（人間界）」というふたつの世界に迫った混沌を退ける。しかしそれはみんなの別離を伴うものだった。 数年後に奇跡的な再会を果たしたみらいたちは、それぞれの世界で、それぞれの未来へ向かって歩み始める。 みらいはナシマホウ界で大学生に。魔法界に戻ったリコは、魔法学校の先生に。 モフルンは変わらずみらいの隣に。 そして、はーちゃんは遠いところから世界を見守る存在に――。 だが、そんななか、魔法界とナシマホウ界に新たな災いが現れて……？ 新たな災いの兆しをきっかけに、数か月ぶりの再会を果たしたみらいとリコ。 謎の敵を退ける一方で、ふたりは自分たちの過去、そして未来と向き合うことになるのだった――。 「キュアップ・ラパパ！」の魔法の言葉で、ワクワクもんの物語がいま再び動き出す！