悪しき力に取り憑かれてしまったマジェコンヌ学長を救ったネプテューヌ達。 しかし学長の入院によりイストワール記念学園の運営を任された臨時学長代行は悪徳業者と結託しとんでもない悪だくみを計画していた。 計画を阻止しようと立ち上がるネプテューヌ達だが、彼女たちの前に謎の組織マジック・カンパニーが現れる……。