「風華学園」から奨学金を受けることのできた鴇羽舞衣は、弟の巧海とともに転入することになった。学園生活を始めた舞衣だったが、異形のモンスター「オーファン」に襲われる巧海を救おうとした時「HiME」と呼ばれる特殊能力に目覚め、「HiME」や「オーファン」にまつわる事件に巻き込まれていく。