누구나 마법소녀가 될 수 있는 세계. 마음 착한 마법소녀 아이바 레나는 다른 마법소녀들과 함께 마법학원에 갇힌다. 거기서 시작된 것은 '마녀의 심판(앨리스 행어)' - 숨어 있는 한 명의 마녀를 찾아낼 때까지 끝나지 않는 잔혹한 데스 게임. 투표로, 룰을 위반해서, 혹은 마녀에게 살해당해서 죄 없는 마법소녀들이 목숨을 잃어가는 가운데, 레나의 친구 후부키가 감행한 기사회생의 수도 수포로 돌아간다. 하지만 낮의 예비 투표(얼리 오더)에서 최다표를 얻은 릴리가 '게임을 끝낼 방법이 생각났다'고 말하는데….