アリスが入学したラ・ヴィエルジュ女学院中等部は、生徒の自主性を重んじる名門女子校。ここでは生徒会長が絶対の権力を持ち、現会長の武藤沙羅（むとう・さら）は秩序を乱す生徒や脱走者には死の制裁も厭わない。入学早々、絶望にとらわれたアリスだったが、謎の先輩・黒崎（くろさき）の導きで理不尽に抗う力「いばら姫」を手に入れた時、常軌を逸した乙女乱舞が幕を開ける――。