안치노이드 간부의 총공격을 물리친 히어로 "래피드 래빗" 본성 소우와 전 여자 간부 "허니 트랩"! "인간을 상처 입히고 있던 내가 소우 씨와 나란히 걷기 위해서는 X를 물리치는 수밖에 없어..." 그런 허니의 불안을 날려버리듯 소우는 "나는 허니 씨가 좋아!!"라고 고백하고, X를 쓰러뜨리지 않고 인간과 안치노이드의 공존을 목표로 하겠다고 다짐한다. 하지만 깊은 절망을 알게 된 X는 모든 것을 파괴하려고 움직이기 시작했다... "정의"와 "악"을 초월한 그 너머에 있는 답을 찾기 위해! 우리의 미래는 여기서 시작된다!