春休み。小夜は明美と一緒に約束していた京都旅行に出かけていた。 その道中、二人はシャドアサの開発者である、深鏡リーナに出会う。 彼女によれば、シャドアサは現在、新型のコンピューターウイルス―― グリムリーパーに侵入され、消滅の危機に瀕しているという。 やがては現実の世界さえ崩壊させかねないグリムリーパー。 ゆえにリーナはその暗殺を、クロたち《リアンシエル》に依頼してくる。 シャドアサを護るため、立ち上がることに決めたクロたち。 そしてそれは、全シャドアサユーザーを巻き込んだ戦いへと広がり――。 「――この世界で、私と出会ってくれてありがとう」 果たして少女たちは愛する仮想世界を救うことができるのか……!?